孙艳波,男, 博士,1984年12月生,山东省聊城冠县人,国家级青年人才项目获得者;云南省中青年学术与技术带头人。现任研究员/骨干教授,硕士生/博士生导师。目前担任进化生态基因组学实验室PI。
主要从事主要从事动物生态适应的遗传机制研究,利用进化&生态基因组学和群体遗传学等系统探讨物种创新性状(尤其是生活史特征)的形成机制,阐明生物对历史环境的生态适应机制及规律,评估生物对全球变化的适应潜力和演化方向。主要研究领域包括(1)动物关键生活史性状的形成和演化机制;(2)动物表型可塑性的形成机制及其与适应性进化的关系;(3)全球变化下的群体基因组学研究;(4)动物的线粒体基因组进化。先后承担完成了国家自然科学基金面上项目、云南省基础研究专项杰出青年项目、重大项目等;在SCI刊物上发表20余篇。
过去几年,在动物(尤其是两栖和爬行动物)的基因组学及生态适应机制研究方面取得了一系列成果,主要包括以下几个方面:
(1)率先破译了首个现代蛙类—高山倭蛙的基因组信息(2015 PNAS),通过更多物种的比较基因组学分析,阐明了转座元件的类型与蛙类基因组大小动态进化的关系(2023 BMC Genomics),同时在分子水平阐明该物种抗紫外的分子机制(2022 PNAS),推动了两栖动物的比较基因组学和适应性进化研究。
(2)利用环境梯度分布物种模型,系统探讨了高原动物的分子适应性进化机制(2018 PNAS),阐明了高原适应性的渐进式过程和远缘物种在分子水平的趋同性,强调DNA损伤修复和能量代谢为动物高原适应的两大关键途径,为适应性进化研究提供参考。
(3)阐明动物线粒体的进化模式与动物的能量需求之间的关系(2011 MBE),并将该理论衍生到肿瘤细胞的线粒体研究中,提出肿瘤细胞能量转换致使线粒体DNA广泛经历了选择压力放松的过程(2012 MBE)。
(4)发布了生物信息学分析软件包FasParser(2017 Zool Res; 2018 Bioinformatics),建立了一系列便捷的DNA序列操作方法,为生信初学者的分析需求提供解决方案。
联系方式
E-mail: sunyanbo@cqlty.com;biosunyb@163.com
Github:https://github.com/Sun-Yanbo
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Yan-Bo-Sun
学历
l 2003.9-2007.7: 山东大学,生物科学专业,获理学学士学位
l 2007.9-2012.6: 中国科学院大学,遗传学专业,获理学博士学位
近十年主持或承担的科研项目
l 2014年-2016年:国家基金委青年基金项目:人脑不同功能区域的转录组复杂度及其调控机制研究,项目负责人,经费23万元
l 2017年-2020年:国家基金委面上项目:高原蛙类的紫外应答机制及其抗氧化系统的适应性进化研究,项目负责人,经费65万元
l 2019年-2022年:国家基金委面上项目:转座元件介导的表观调控和序列变异在动物低氧适应中的作用,项目负责人,经费59万元
l 2021年-2024年:云南省基础研究计划“杰出青年”项目:表型可塑性与适应性进化的相关性研究,项目负责人,经费50万元
l 2023年-2025年:国家高层次人才特殊支持计划:两栖动物生态基因组学,项目负责人,经费180万元
l 2023年-2028年:国家重点研发计划:全球变化对中国陆生生物多样性的影响及风险评估,子课题负责人,经费96万元
l 2024年-2026年:云南省基础研究专项重大项目:两栖动物生活史特征形成机制及其对全球变化的适应潜力研究,项目负责人,经费300万元
l 2024年-2029年:国家重点研发计划:野生动物迁移扩散机制与种群管控技术,子课题负责人,经费30万元
社会兼职
l 《Zoological Research: Diversity and Conservation》编委
近十年发表主要学术论文
1. Zuo, B., Nneji, L.M. & Sun, YB*. Comparative genomics reveals insights into anuran genome size evolution. 2023. BMC Genomics 24, 379.
2. Fu T.T#, Sun Y.B#, Gao W#, Long C, Yang C, Yang X, Zhang Y, Lan X, Huang S, Jin J, Murphy R, Zhang Y*, Lai R*, Hillis D*, Zhang Y.P*, Che J*. 2022 The highest-elevation frog provides insights into mechanisms and evolution of defenses against high ultraviolet radiation. PNAS 119 (46) e2212406119
3. Liu YN, Chen RM, Pu QT, Nneji LM, Sun YB*. 2022. Expression Plasticity of Transposable Elements Is Highly Associated with Organismal Re-adaptation to Ancestral Environments. Genome Biology and Evolution 14 evac084.
4. Yan-Bo Sun*, Yi Zhang, Kai Wang. 2020, Perspectives on studying molecular adaptations of amphibians in the genomic era. Zoological Research, 41(4): 351-364.
5. Chun-Hua Yang, Ting-Ting Fu, Xin-Qiang Lan, Yun Zhang, Lotanna Micah Nneji, Robert W. Murphy, Yan-Bo Sun*, Jing Che* 2019. Comparative skin histology of frogs reveals high-elevation adaptation of the Tibetan Nanorana parkeri. Asian Herpetological Research 10(2): 79–85.
6. Gao, W.#, Sun, Y.B.#, Zhou, W.W.#, Xiong, Z.J., Chen, L., Li, H., Fu, T.T., Xu, K., Xu, W., Ma, L., Chen, Y.J., Xiang, X.Y., Zhou, L., Zeng, T., Zhang, S., Jin, J.Q., Chen, H.M., Zhang, G., Hillis, D.M., Ji, X., Zhang, Y.P., Che, J., 2019. Genomic and transcriptomic investigations of the evolutionary transition from oviparity to viviparity. PNAS 116, 3646-3655.
7. Sun, Y.B., Fu, T.T., Jin, J.Q., Murphy, R.W., Hillis, D.M., Zhang, Y.P., Che, J., 2018. Species groups distributed across elevational gradients reveal convergent and continuous genetic adaptation to high elevations. PNAS 115, E10634-E10641.
8. Sun, Y.B., 2018. FasParser2: a graphical platform for batch manipulation of tremendous amount of sequence data. Bioinformatics 34, 2493-2495.
9. Jin, J.Q., Sun, Y.B.*, 2018. AutoSeqMan: batch assembly of contigs for Sanger sequences. Zoological Research 39, 123-126.
10. Sun, Y.B*., 2017. FasParser: a package for manipulating sequence data. Zoological Research 38, 110-112 .
11. Sun, Y.B., Xiong, Z.J., Xiang, X.Y., Liu, S.P., Zhou, W.W., Tu, X.L., Zhong, L., Wang, L., Wu, D.D., Zhang, B.L., Zhu, C.L., Yang, M.M., Chen, H.M., Li, F., Zhou, L., Feng, S.H., Huang, C., Zhang, G.J., Irwin, D., Hillis, D.M., Murphy, R.W., Yang, H.M., Che, J., Wang, J., Zhang, Y.P., 2015. Whole-genome sequence of the Tibetan frog Nanorana parkeri and the comparative evolution of tetrapod genomes. PNAS 112, E1257-1262.
12. Wu, D.D., Ye, L.Q., Li, Y., Sun, Y.B., Shao, Y., Chen, C., Zhu, Z., Zhong, L., Wang, L., Irwin, D.M., Zhang, Y.E., Zhang, Y.P., 2015. Integrative analyses of RNA editing, alternative splicing, and expression of young genes in human brain transcriptome by deep RNA sequencing. Journal of molecular cell biology 7, 314-325.
13. Sun, Y.B., Zhou, W.P., Liu, H.Q., Irwin, D.M., Shen, Y.Y., Zhang, Y.P., 2013. Genome-wide scans for candidate genes involved in the aquatic adaptation of dolphins. Genome biology and evolution 5, 130-139.
14. Liu, J.#, Wang, L.D.#, Sun, Y.B.#, Li, E.M., Xu, L.Y., Zhang, Y.P., Yao, Y.G., Kong, Q.P., 2012. Deciphering the signature of selective constraints on cancerous mitochondrial genome. Molecular biology and evolution 29, 1255-1261.
15. Sun, Y.B., Shen, Y.Y., Irwin, D.M., Zhang, Y.P., 2011. Evaluating the roles of energetic functional constraints on teleost mitochondrial-encoded protein evolution. Molecular biology and evolution 28, 39-44.